ARRS PROJECT
Vodja projekta: Dr. Anita Kotar
1. VSEBINSKI OPIS PROJEKTA:
Molekule mikroRNA (miRNA) igrajo pomembno vlogo pri regulaciji ekspresije genov s ciljanjem informacijske RNA za post-transkripcijsko utišanje genov. miRNA dobivajo veliko pozornosti kot ključni biofarmacevtiki naslednje generacije zaradi njihove pomembne vloge pri regulaciji genov in sodelovanju pri najrazličnejših boleznih. V tem raziskovalnem projektu bomo preizkusili hipotezo, da pre-miRNA molekule niso pasivni akterji biogeneze, ampak aktivno raziskujejo svoj konformacijski prostor za uravnavanje procesiranja molekul pre-miRNA. Glavni cilj projekta je strukturno in dinamično opredeliti pre-miRNA, ki deluje kot zaviralec tumorjev v celicah, in preučiti strukturno posredovano regulacijo dane pre-miRNA. S pridobljenim znanjem bom preučila možnost uporabe pre-miRNA kot posnemovalca miRNA s potencialno uporabo v protirakavi terapiji.
a. osnovni podatki glede financiranja:
Projekt sofinancira ARRS s 1700 letnimi urami cenovnega razreda B za obdobje 2 let. Pričetek financiranja je 1. 10. 2021.
b. sestava projektne skupine s povezavami na SICRIS
Na Kemijskem inštitutu v projektni skupini Z1-3198 sodelujejo:
Dr. Anita Kotar
2. FAZE PROJEKTA IN NJIHOVA REALIZACIJA
1. faza:
- uporaba kombinacije encimske in-vitro in kemijske sinteze za pripravo naravno izotopsko obogatene in z različnimi shemami označevanja (2H, 13C/15N in 15N) pre-miRNA
- sinteza RNA, ki vsebuje modificirane nukleotide v zankah
- nadzor kakovosti vzorcev RNA
2. faza:
- snemanje NMR eksperimentov za pridobitev strukturnih informacij
- pridobitev podatkov o globularni strukturi RNA (SAXS ali druga ustrezna metoda)
- določitev strukturnih modelov preučevane pre-miRNA na podlagi pridobljenih NMR omejitev s simulacijami molekulske dinamike
- izpopolnitev strukturnih modelov s pomočjo podatkov o globularni strukturi
3. faza:
- določitev dinamike preučevan pre-miRNA s pomočjo NMR relaksacijskih metod
- vpliv okoljskih dražljajev na konformacijo zank pre-miRNA
4. faza:
- učinkovitost procesiranja Dicerja nativne pre-miRNA, konstruktov s konformacijsko zaklenjenimi zankami in RNA, ki vsebujejo modificirane nukleotide v zankah
- vpliv okoljskih spremembe na procesiranje Dicerja
- vpliv modifikacij v zankah na stabilnost pre-miRNA
5. faza (skozi celotno trajanja projekta):
- predstavitev rezultatov na mednarodnih simpozijih in konferencah
- objava rezultatov v revijah z mednarodnim recenzentskim sistemom
3. BIBLIOGRAFSKE REFERENCE, KI IZHAJAJO NEPOSREDNO IZ IZVAJANJA PROJEKTA
4. LOGOTIP ARRS IN DRUGIH SOFINANCERJEV